Jacobsen wykorzystuje ten incydent, by po raz kolejny zmodernizować browar. Instaluje system chłodzenia, który poprawia jakość produktu i prowadzi do znaczącego wzrostu sprzedaży. Wtedy to syn Jacobsena, Carl, powraca z nauki procesu piwowarstwa w Europie. Zostaje zaproszony do warzenia własnego piwa w nowo wybudowanej dobudówce. Swój browar nazywa Nowy Carlsberg. Pierwsze, co robi Carl, by sprostać oczekiwaniom rynku, to zwiększenie możliwości produkcji i skrócenie o połowę czasu procesu warzenia piwa, który stosował jego ojciec. W ciągu dziesięciu krótkich lat sprzedaż w Nowy Carlsberg przewyższa tę zanotowaną w starym Carlsbergu jego ojca. Carl sprzedaje swoje piwo pod nazwą Carlsberg. Jednak, co bardzo nie podoba się jego ojcu, Carl warzy piwo o krótszym czasie przechowywania. To wywołuje rodzinną waśń pomiędzy ojcem a synem. Z pomocą prawników J.C. Jacobsen eksmituje Carla z dobudówki i usiłuje ograniczyć jego możliwości produkcyjne. Próbuje nawet zmusić Carla do zmiany nazwy jego browaru. Pragnie też zachować projekt etykiety dla siebie, ale Carl się na to nie zgadza. W końcu, w październiku 1886 roku dochodzi do pojednania ojca i syna. Ma to miejsce tuż przed śmiercią J.C. Jacobsena.

1904 - pierwsze warzenie pilznera przez Carlsberga

Duński architekt i artysta, Thorvald Bindesbøll otrzymuje zlecenie zaprojektowania etykiety, piwa Carlsberg Pilsner. W 1904 roku Carlsberg staje się też pierwszym duńskim browarem, który ma zostać dostawcą piwa do duńskiego dworu królewskiego. Korona na etykiecie Carlsberg to pamiątka po tym wyróżnieniu. Naturalne składniki Carlsberga symbolizuje na etykiecie liść chmielu. Wygląd browaru Carlsberg miał dla J.C. Jacobsena i jego syna Carla bardzo duże znaczenie. Obaj wierzyli, że atrakcyjne otoczenie, jak to związane ze sztuką, potrafi wznieść ludzkiego ducha na wyżyny. Odkrywali oni nowe style architektoniczne dla swoim budynków przemysłowych i dążyli do stworzenia pięknego browaru.

Carl Jacobsen chciał udowodnić, że piec fabryki może być dziełem sztuki. W 1900 roku wybudował słynny skręcony piec Carlsberga. Gwiezdna brama przy pierwotnym wejściu do bramy jest symbolem dwunastoramiennej gwiazdy. Jest to znak towarowy starego Carlsberga. Wieża słoni Carla Jacobsena jest być może najbardziej znanym budynkiem na terenie kompleksu. Słonie symbolizują czworo dzieci Carla. Jacobsen wybrał słonia, ponieważ symbolizował on siłę, lojalność i pracowitość – idealnie pasujące do jego motta, „Laboremus Pro Patria” („Pracujmy dla ojczyzny”).